在莫斯科，一切就不是那么好了。由于未能成功地部署心灵控制增幅器，罗曼洛夫下令尽可能快的击败美军。维拉蒂摩将军被命令立即起航，去摧毁部署在珍珠港的美国海军舰队，以防止它们对苏联东海岸发动更多的进攻][1]。虽然苏军一开始很快成功地占领了尼华岛（Niihau Island，夏威夷群岛中的一个），但美国的航空母舰和鹞式战斗机（Harrier aircraft）迅速进行了反击，把苏联在那里的基地夷为平地。维拉蒂摩的舰队只得灰溜溜地逃回了美国。
与此同时，尽管精神部队被缓慢地被美军击退撤出西海岸地区，但是他们还是成功地在圣路易斯（St. Louis）部署了一座心灵信标。圣路易斯位于美国中部，是一个重要的中转中心，盟军收复南部各州的必经之路，战略地位十分重要。谭雅和她的小分队被派出，执行摧毁心灵信标的任务。在那里谭雅发现，那些天生对心灵控制免疫的市民们正遭到一队伊拉克辐射工兵（Desolator）的屠杀。在几乎屈服于心灵信标的力量时，谭雅摧毁了它，解放了城市。之后，谭雅参加了特别训练，使她能对心灵控制免疫，因为“对于一个士兵来说，失去他的思想，是最糟糕的事”。
苏联军队全面地向墨西哥撤退。在那里，尤卡坦半岛（Yucatan Peninsula），苏联的科学家正在研究爱因斯坦的光棱科技。由于光棱科技可能和磁暴科技结合，研制出更强力的武器，愤怒的卡维尔将军派出了海豹突击队（SEAL team）摧毁了所有相关实验的痕迹。
由于惧怕爱因斯坦和上一次一样向盟军提供优势科技，罗曼洛夫最终下令他的欧洲军团发动大规模进攻，目标是俘虏爱因斯坦。虽然有人建议爱因斯坦离开他在黑森林（Black Forest）的家乡，爱因斯坦仍然坚持要呆在那里。于是他的实验室附近迅速地建立起了一条防线。苏军新服役的天启坦克（Apocalypse Tanks）打头阵向德国进发。这种巨大的坦克由乌拉尔山脉中的苏联科技人员开发出来，拥有双联装炮塔。盟军将伪装成树木的幻影坦克（Mirage Tanks）部署在丛林中伏击苏军，大大延缓了苏军的进攻。突破了优势数量盟国守军的防御来到爱因斯坦实验室附近的苏军最终被那里的守军击退。这样，爱因斯坦就获得了足够的时间来完善他的空间转移科技（Chronosphere technology）。改进的空间转移发生器比原来的充能时间更短、一次的传输量更大，而且消除了困扰原来型号已久的很多问题。
与此同时，在华盛顿，卡维尔将军在准备与盟军主要顾问商讨最终向莫斯科进攻的方案前遭到暗杀。尽管如此，由此造成的权利真空并未对盟军的会谈产生多大的影响。会议得出的方案是，放弃传统的大部队地面推进的方式，而采用空间转移发生器绕过苏军防线直接进攻莫斯科。最优的发起进攻的地点是佛罗里达。不过存在的问题是，苏军在临近的古巴地区部署了数枚核武器。
美军攻击墨西哥，长驱直入，摧毁了战争前苏联建立在那里的所有军事基地。曾经协助苏军作战的精神部队突然消失无踪，只留下苏军孤军负隅顽抗。
尤里意识到苏联已经无法取胜，于是悄悄地离开了莫斯科。只有一个小队的精神部队留在莫斯科协助防御。这些人都完全效忠于祖国俄罗斯，这也制造了尤里仍然在支持罗曼洛夫总理的假相。当然，对于盟军计划的进攻，罗曼洛夫也准备好了一座完好无损的铁幕装置和大量核武器来试图对抗。
1972年夏，美国海军对古巴发动了猛烈的进攻。尽管遇到了苏军巨型乌贼（mind controlled squids）的阻挠，美国还是成功地封锁了该岛。在盟军部署超时空部队（Chronosphere forces）时，罗曼洛夫下令发射部署在古巴的核导弹。但是美国舰队很快摧毁了导弹发射台，而且所有的超时空进攻的准备都已就绪。
7月4日，盟军从苏军手中收复并占领了墨西哥全境。尽管已经全力反击盟军的进攻，但鲍里斯和其余的苏军士兵只得撤离，并试图与维拉蒂摩的舰队会合，但舰队根本没有前来支援墨西哥。同时，美国将他的大部分部队部署在佛罗里达准备对莫斯科的最终一击。为了避免消耗一兵一卒，杜根总统选择了封锁古巴而不是拿下它。
在卡维尔将军的葬礼之后，杜根总统下令对莫斯科的总攻开始。盟军首先攻击了城外的一个战俘营，在冰雪覆盖的莫斯科站住了脚][2]。顶着苏军猛烈的反扑，美军迅速在战俘营部署好了它的部队。爱因斯坦和其他科学家一起部署了天气控制装置（the Weather Control Device），以对抗苏军的核威胁。天气控制器能在短时间内在一片地区内制造猛烈的闪电风暴。光棱坦克（Prism tanks）以远程光束攻击核武器发射台，盟军的战斗机则对苏军坦克群展开不间断空袭。在先进的光棱坦克面前，老旧的磁暴坦克完全不是对手。最艰难的战斗发生在歼灭罗曼洛夫的黑色精英卫队时。装备有可以将任何物体从历史上抹去的武器的超时空军团的士兵（Chrono legionnaires）承担了这项任务[3]。当防守部队被最终歼灭时，谭雅和她的攻击小队通过空间转移到达克里姆林宫。1972年7月31日，谭雅和她的小队进入克里姆林宫搜索罗曼洛夫。在罗曼洛夫的办公室，他们发现Yershenko正无助地试图乔装打扮成罗曼洛夫。把他修理一番后，谭雅搜索了整个屋子，发现了在桌子底下缩成一团的罗曼洛夫。
抓住罗曼洛夫之后，盟军在伦敦迫使他签订了和平条约。在找到更合适的地方之前，罗曼洛夫被囚禁在伦敦塔中。胆小鬼Yershenko招认了他所知的一切以求从轻处罚。在发表胜利演说后不久，杜根总统发布了9A66号行政令。爱因斯坦教授被委托研究精神部队的科技并协助抓捕尤里。谭雅和伊娃中尉也被派往旧金山执行这一任务。旧金山是战争中精神部队的第一个目标。
大部分美国部队占领着莫斯科。维拉蒂摩舰队的残部被下令驶往旧金山向美军投降，全世界的苏军被要求放下武器，停止抵抗。
再也不会有自由的意志，只有我的意志。”——尤里
为搜捕尤里而组建的先遣队刚刚在旧金山集合，爱因斯坦突然发现从恶魔岛（Alcatraz Island）上传来了奇怪的波动。杜根总统和他的顾问们立刻召开了一次紧急会议，由伊娃中尉向他简要地汇报情况。她刚说完，尤里干扰了通讯，出现在与会者面前的屏幕上。尤里要求美国和盟军方面向他投降。尤里解释说恶魔岛上的装置是他最新的心灵控制科技的产物——心灵控制器（Psychic Dominator）。杜根总统停了一下，对尤里说可以让他做俄罗斯的新的领导人，此时他的将军们正在准备对心灵控制器发动空袭。尤里看穿了杜根的计策，回答说：“总统先生，如果我能控制整个世界的话，我为什么要只满足于掌握一个国家呢？”接着尤里切断了通信，开始准备启动心灵控制器。杜根总统下令立即发动空袭。
等盟军的鹞式飞机接近恶魔岛的时候，尤里的精神部队早已部署好了防空火力。尤里军新兵（Yuri's Initiates）们拼命地对空射击。盖特炮（Gattling Cannons）防空火力及其优秀，击落了多架飞机。幸运的是，其中一架飞机坠落时损坏了为心灵控制器供电的核能反应堆，使心灵控制器失效了。
尤里对这一个心灵控制器的失效毫不在意，他随即启动了设在世界各地的其他的心灵控制器，使世界上大多数人们成为没有思想的尤里的奴仆。和第一代的心灵信标和心灵控制增幅器所使用的科技不同，心灵控制器使用的是一种严格的心灵控制。第一代心灵控制器是使目标兴高采烈而变得易于说服，而第二代科技则是把目标变成没有思想的奴隶。
正当盟军的先遣队在旧金山艰难抵抗尤里军的一波又一波的进攻时，爱因斯坦提出了一个大胆的计划。为了防止这场灾难，他改装了一台空间转移发生器使之成为了一台时间机器。不过此时时间机器和整个旧金山市区都处于电力中断的状态，盟军和尤里都在试图控制市内的发电站。盟军最近部署的重装大兵（Guardian GIs）消灭了精神部队的坦克，与此同时盟军的工程师在城内寻找可用的发电站。就在尤里的工程师重新开启心灵控制器，并马上就要启动它来控制盟军时，时间机器及时启动了，盟军回到了过去。据说在盟军和尤里打的热火朝天时，维拉蒂摩的先遣队也到达旧金山湾，并且偷乘时间机器希望能同时改变战争的结果。爱因斯坦令人吃惊地选择留下来，留在原来的时间线继续他的使命。
到达的时间是苏军刚刚向内陆推进时的1971年春。谭雅溜过城中少量的苏联守军后将恶魔岛上正在建设中的心灵控制器摧毁。
意识到情况紧急，特别任务分队向索恩?卡维尔将军汇报了未来的情况。卡维尔将军立刻同意帮助他们，以防止苏联和尤里带来的更多灾难。同时，盟军将未来会出现的心灵控制灾难通知了在德国的爱因斯坦。
解放在精神部队控制下的西海岸地区现在成了盟军的首要任务。尤里利用好莱坞的市民们作为一种资源。他将他们心灵控制，让他们走进城市各处的研磨机（Grinders）里。其他市民则自愿进入生物发电站（Bio Reactors）。这种发电站利用人体的生物电荷来提高输出。在尤里军士兵的监视下，那些天生对心灵控制免疫的市民则被命令去采矿。卡维尔将军将新的战斗要塞（Battlefortress）的原型机从主要的战事中抽调出来以援助特别任务分队。机器人坦克也在对苏联战争的末期开发出来，他们是完全对心灵控制免疫的。在战斗中，好莱坞明星Flint Westwood、Arnie Frankenfurter和Sammy Stallion帮助了盟军，收到了出乎意料的好效果。
紧接着的战斗发生在西雅图。由于受到核武器摧毁城市的威胁，Bing总裁和他的巨软公司（Massivesoft Corporation）被迫为心灵控制器编写控制软件[1]。在这场超级武器的对抗中，一台天气控制器被用来对抗尤里的核武器。不过尤里抢先发射了一枚短程核导弹摧毁了给天气控制器供电的发电站而得了先手。盟军迅速在整个城市与尤里展开巷战。英国狙击手和尤里的病毒狙击手（Viruses）在城中猫捉耗子似的生死相斗。最终，盟军利用西雅图电视塔（the Space Needle）来开拓视野，并重新启动了天气控制器切断了核武器发射井的电力。先遣队解放了巨软工业园，并摧毁了核武器发射井。
在未通知罗曼洛夫的情况下，尤里的军队绑架了爱因斯坦，强迫他在埃及帮助建立一座心灵控制器[2]。由于爱因斯坦对心灵控制免疫，所以他实在强迫下帮助完成了那台心灵控制器。谭雅和德国军队一起开赴埃及解救爱因斯坦博士。由于受过训练，谭雅现在也对心灵控制免疫。她溜过几座心灵控制塔（the Psychic Towers）和一些尤里军士兵找到并解救了爱因斯坦。爱因斯坦告诉她，在建设心灵控制器时他动了一些手脚，所以现在盟军可以短时间利用它，不久之后它将自毁。盟军于是用这台心灵控制器对付尤里，击溃了埃及境内的所有尤里的精神部队。虽然卡维尔将军百般恳求，爱因斯坦还是回到了她在黑森林的实验室继续研究时空转移发生器。
利比亚和伊拉克对盟军在圣路易斯的胜利和即将展开的对墨西哥的进攻很是关注，要求罗曼洛夫与其他的WSA领导人进行面对面会谈。在离开莫斯科前，罗曼洛夫签署了命令，要求在古巴训练的恐怖分子开始进攻美国。
